Xét nghiệm gen ung thư (Comprehensive Genomic Profiling) là gì, ai nên làm và kết quả nói được điều gì

Comprehensive Genomic Profiling là gì

“Xét nghiệm gen ung thư” là cụm từ người bệnh và gia đình nghe ngày càng nhiều trong vài năm gần đây, nhưng cùng một cụm từ lại được dùng để gọi nhiều loại xét nghiệm có mục đích khác nhau. Bài này được đội ngũ bác sĩ YOUNIFY Clinic biên soạn để tách bạch cho rõ: Comprehensive Genomic Profiling hay CGP là gì, khác xét nghiệm gen kiểu cũ ra sao, ai có thể phù hợp, kết quả thực sự nói được điều gì, và quan trọng không kém là không nói được điều gì. Toàn cảnh hướng chăm sóc có thể đọc tại điều trị ung thư chính xác là gì và tại dịch vụ ung thư chính xác.

CGP là đọc trình tự di truyền của khối u trên hàng trăm gen cùng lúc trong một lần xét nghiệm, bằng kỹ thuật NGS = next-generation sequencing, tức giải trình tự thế hệ mới đọc được số lượng lớn trong mỗi lần chạy. Mục đích là tìm những bất thường có thể dùng để hỗ trợ chọn hướng điều trị.

Điểm phải nhấn mạnh ngay từ đầu là CGP xét nghiệm di truyền của tế bào ung thư, không phải xét nghiệm di truyền của bản thân người bệnh để dự đoán sau này có mắc ung thư hay không. Hai thứ đó là hai xét nghiệm khác nhau, mục đích khác nhau và cách diễn giải cũng khác nhau.

Những bất thường CGP thường tìm gồm:

• Point mutation hoặc small indel = thay đổi nhỏ trong mã di truyền, ví dụ như ở các gen EGFR, BRAF, KRAS.
• Gene fusion = hai gen nối sai vị trí với nhau, ví dụ như liên quan tới ALK, ROS1, RET, NTRK.
• Copy number alteration = tăng hoặc giảm số bản sao của gen, ví dụ khuếch đại HER2 hoặc MET.
• Dấu ấn sinh học phía miễn dịch, gồm MSI = mất ổn định các đoạn trình tự lặp trong tế bào ung thư, và TMB = tổng gánh nặng đột biến trong khối u, cùng với nhuộm protein PD-L1 thường được làm song song bằng phương pháp khác.

CGP khác xét nghiệm gen kiểu cũ ở chỗ nào

Xét nghiệm gen kiểu cũ thường làm từng gen hoặc vài vị trí theo một câu hỏi lâm sàng cụ thể, dùng ít mô và có kết quả nhanh. Còn CGP đọc hàng trăm gen cùng lúc, cho bức tranh rộng hơn, nhưng dùng nhiều mô hơn, mất nhiều thời gian hơn, và cho ra dữ liệu cần cả một nhóm cùng diễn giải.

Chọn loại xét nghiệm nào không phải là chuyện bên nào hơn bên nào, mà là chuyện câu hỏi lâm sàng lúc đó là gì, còn bao nhiêu mô, và còn bao nhiêu thời gian trước khi phải quyết định.

Kết quả nói được điều gì

Báo cáo CGP thường chia dữ liệu thành nhiều nhóm, và không phải nhóm nào cũng dùng để chọn thuốc được. Người bệnh và gia đình nên hiểu khác biệt này, vì một báo cáo dài nhiều trang không có nghĩa là có nhiều lựa chọn điều trị.

1. Bất thường đã có thuốc tác động đúng vào đích đó (actionable alteration) là nhóm ảnh hưởng tới quyết định nhiều nhất, ví dụ phát hiện bất thường liên quan tới EGFR, ALK, ROS1, RET, NTRK, BRAF, HER2 hoặc MET trong bối cảnh bệnh phù hợp. Tuy vậy, tìm thấy đích không có nghĩa thuốc đó luôn phù hợp với người bệnh ấy; còn phải cân nhắc loại bệnh, giai đoạn, các điều trị đã nhận và thể trạng. Cơ chế của từng nhóm thuốc được giải thích tại thuốc nhắm trúng đích và miễn dịch hoạt động thế nào.

2. Dấu ấn sinh học dùng để cân nhắc điều trị miễn dịch, gồm MSI, TMB và PD-L1. Các chỉ dấu này hỗ trợ quyết định, nhưng không chỉ dấu nào dự đoán hoàn toàn chính xác: người có chỉ số trông thuận lợi vẫn có thể không đáp ứng, và ngược lại cũng vậy.

3. Bất thường chưa rõ ý nghĩa lâm sàng (variant of uncertain significance hay VUS) là nhóm gặp khá thường xuyên trong báo cáo. Nghĩa là có thay đổi gen thật, nhưng bằng chứng hiện tại chưa đủ để nói nó mang ý nghĩa gì. Không nên dùng để chọn thuốc, và cũng không nên hiểu đó là tin xấu hay tin tốt.

4. Tín hiệu có thể gợi ý bất thường di truyền lưu truyền trong gia đình (germline finding). Đôi khi xét nghiệm khối u phát hiện dấu vết khiến nghi ngờ bất thường đó cũng có trong tế bào bình thường của cơ thể. Trường hợp này cần khẳng định bằng xét nghiệm máu germline riêng, kèm tư vấn di truyền, vì có ảnh hưởng tới người thân trực hệ.

5. Kết quả không thấy đích để chọn thuốc là kết quả bình thường, vẫn thường gặp. Không phải khối u nào cũng có bất thường di truyền đã có thuốc nhắm trúng đích (actionable mutation). Trường hợp này vẫn còn các điều trị chuẩn khác để cân nhắc, và dữ liệu thu được vẫn hữu ích ở chỗ loại bớt những lựa chọn khó có khả năng hiệu quả.

Đọc cả năm nhóm này cho khớp với bối cảnh lâm sàng là việc của hội đồng đa chuyên khoa (Molecular Tumour Board), không phải việc đọc từng dòng một cách đơn lẻ.

Ví dụ về dấu ấn sinh học liên quan theo nhóm bệnh

Mỗi dấu ấn sinh học không liên quan tới mọi loại ung thư. Danh sách dưới đây giúp hình dung vì sao bác sĩ chỉ định khác nhau ở những người bệnh khác nhau. Đây chỉ là bức tranh chung mang tính giáo dục, không phải hướng dẫn chỉ định xét nghiệm.

• Ung thư phổi — thường cân nhắc EGFR, ALK, ROS1, BRAF, RET, MET, NTRK, KRAS cùng với PD-L1.
• Ung thư đại trực tràng — thường cân nhắc KRAS, BRAF, HER2 và tình trạng MSI.
• Ung thư vú — thường cân nhắc HER2 cùng thụ thể nội tiết, và trong một số bối cảnh có cân nhắc dữ liệu germline.
• Ung thư đường tiêu hóa (dạ dày, thực quản, tụy, gan và đường mật) — thường cân nhắc HER2, MSI, TMB và các bất thường khác tùy cơ quan.
• Ung thư tuyến tiền liệt — thường cân nhắc dữ liệu về sửa chữa DNA, và tình trạng MSI trong một số bối cảnh.

Chọn bộ xét nghiệm phù hợp với bệnh và với tình huống là việc của đội ngũ bác sĩ đang điều trị, không phải điều người bệnh nên tự chọn từ thông tin trên internet.

Ai có thể phù hợp với xét nghiệm này

Nhìn chung, CGP được cân nhắc ở người đã được chẩn đoán ung thư và có câu hỏi lâm sàng mà kết quả thực sự có thể làm thay đổi quyết định. Xét nghiệm mà không có câu hỏi đứng sau thì thường không làm thay đổi kế hoạch điều trị.

• Người được chẩn đoán ung thư giai đoạn tiến xa hoặc đã di căn và đang lên kế hoạch cho bước điều trị tiếp theo.
• Người có bệnh tiến triển trong khi đang điều trị phác đồ hiện có, và muốn biết còn lựa chọn nào khác theo đặc điểm di truyền không.
• Người đã làm xét nghiệm gen chỉ định nhưng không thấy đích, dù đặc điểm lâm sàng gợi ý là nên có.
• Người mắc loại ung thư hiếm gặp, hoặc ung thư chưa rõ vị trí nguyên phát.
• Người đang cân nhắc tham gia nghiên cứu lâm sàng có tiêu chí chọn lựa dựa trên đặc điểm phân tử.

Nhóm mà xét nghiệm này không được thiết kế cho là người chưa được chẩn đoán ung thư. CGP không phải xét nghiệm tầm soát ung thư cho người khỏe mạnh nói chung, không thể nói quý vị có mắc ung thư hay không, và kết quả bình thường không có nghĩa là không mắc bệnh.

Những giới hạn cần biết

Trước khi quyết định làm xét nghiệm, người bệnh, gia đình và đội ngũ bác sĩ nên hiểu các giới hạn này giống nhau, để không nảy sinh kỳ vọng lệch với những gì xét nghiệm làm được.

• Không phải khối u nào cũng có bất thường di truyền đã có thuốc nhắm trúng đích (actionable mutation).
• Mô có thể không đủ hoặc không đạt chất lượng để xét nghiệm, khiến phải lấy mẫu mới hoặc chuyển sang xét nghiệm từ máu.
• Mô lưu trữ đã lâu có thể không phản ánh đặc điểm bệnh ở hiện tại, vì khối u thay đổi theo thời gian và theo các điều trị đã trải qua.
• Các khối u trong cùng một cơ thể có thể không giống nhau về đặc điểm di truyền ở mọi vị trí (tumour heterogeneity), nên xét nghiệm từ một điểm có thể chưa bao quát hết.
• Nhiều kết quả tìm được là VUS, chưa dùng để quyết định điều trị được.
• Dù tìm thấy đích khớp thuốc, cũng không thể biết trước có đáp ứng hay không. Kết quả tùy từng cá nhân.
• Có thể phát hiện thông tin ảnh hưởng tới người thân trực hệ, nên cần kèm tư vấn di truyền khi có chỉ định.
• Xét nghiệm này không phải lý do để ngừng hay hoãn phác đồ đang dùng. Nên quyết định cùng bác sĩ đang điều trị, không tự điều chỉnh hay ngừng phác đồ hiện có.

Nếu mô không đủ hoặc đã lưu quá lâu, xét nghiệm từ máu có thể là lựa chọn để cân nhắc. Chi tiết đọc tại Liquid biopsy: xét nghiệm DNA ung thư từ máu.

Chi phí tùy loại xét nghiệm và kế hoạch điều trị; đội ngũ bác sĩ luôn đánh giá và báo toàn bộ chi phí trước khi bắt đầu.

Các bước khi đến YOUNIFY

Tại YOUNIFY Clinic, việc gửi xét nghiệm CGP luôn bắt đầu bằng làm rõ câu hỏi lâm sàng: kết quả sẽ làm thay đổi quyết định thế nào. Nếu câu trả lời là không thay đổi, đội ngũ bác sĩ sẽ nói thẳng điều đó thay vì gửi xét nghiệm.

• 1. Tư vấn và xem lại hồ sơ cũ — kết quả mô bệnh học, kết quả nhuộm đặc biệt, phim chẩn đoán hình ảnh và tiền sử điều trị.
• 2. Kiểm tra mẫu hiện có — đánh giá khối mô cũ có đủ lượng và đủ tỉ lệ tế bào ung thư hay không.
• 3. Chọn cách lấy mẫu — dùng mô cũ, lấy mô mới, hoặc dùng xét nghiệm từ máu để thay thế hay bổ sung, tùy mức phù hợp của từng ca.
• 4. Giải thích trước khi ký đồng thuận — xét nghiệm trả lời được gì, không trả lời được gì, khả năng không tìm thấy đích, và hướng xử trí khi phát hiện thông tin ảnh hưởng tới gia đình.
• 5. Đưa kết quả vào hội đồng đa chuyên khoa (Molecular Tumour Board) — để đọc cùng dữ kiện lâm sàng.
• 6. Trình bày kết luận với người bệnh và gia đình — giải thích báo cáo theo từng phần bằng ngôn ngữ dễ hiểu, kèm các lựa chọn hiện có và những điều còn chưa biết.

Nếu kế hoạch điều trị cần hóa trị, xạ trị, phẫu thuật ung thư hoặc điều trị phải truyền tĩnh mạch, đội ngũ bác sĩ sẽ phối hợp chuyển tuyến tới bệnh viện đối tác.

Nếu quý vị đang cân nhắc có nên làm xét nghiệm gen ung thư hay không và muốn biết kết quả sẽ làm thay đổi quyết định của kế hoạch điều trị thế nào, có thể đọc chi tiết tại dịch vụ ung thư chính xác của YOUNIFY hoặc trao đổi với đội ngũ bác sĩ qua LINE @younifyclinic trước khi quyết định, và xin luôn mang những thông tin thu được về bàn lại với bác sĩ đang điều trị cho quý vị.