Что такое комплексное геномное профилирование опухоли (Comprehensive Genomic Profiling), кому оно нужно и что показывает результат

Что такое Comprehensive Genomic Profiling

«Генетическое исследование опухоли» — формулировка, которую пациенты и их близкие слышат всё чаще в последние годы, но одним и тем же словосочетанием называют разные исследования с разными целями. Медицинская команда клиники YOUNIFY подготовила этот материал, чтобы разграничить: что такое Comprehensive Genomic Profiling, или CGP, чем оно отличается от прежнего генетического анализа, кому может подойти, что результат действительно показывает и, что не менее важно, чего он не показывает. Общая картина всего маршрута — в материале что такое прецизионная онкология и в разделе услуга прецизионной онкологии.

CGP — это прочтение генетической последовательности опухоли сразу по сотням генов за одно исследование методом NGS = next-generation sequencing, то есть секвенирования нового поколения, читающего большие объёмы за один запуск. Цель — найти нарушения, которые могут помочь в выборе тактики лечения.

Подчеркнуть с самого начала нужно вот что: CGP исследует гены опухолевых клеток, а не гены самого пациента для прогноза, заболеет ли он раком в будущем. Это два разных исследования с разными целями и разной трактовкой.

Нарушения, которые обычно ищет CGP:

• Point mutation или small indel — небольшое изменение генетического кода, например в генах EGFR, BRAF, KRAS.
• Gene fusion — соединение двух генов в неправильном положении, например в отношении ALK, ROS1, RET, NTRK.
• Copy number alteration — увеличение или уменьшение числа копий гена, например амплификация HER2 или MET.
• Биомаркеры со стороны иммунитета: MSI — нестабильность повторяющихся генетических последовательностей в опухолевой клетке, и TMB — общая мутационная нагрузка опухоли, а также окраска на белок PD-L1, которую чаще выполняют параллельно другим методом.

Чем CGP отличается от прежнего генетического анализа

Прежний генетический анализ обычно исследует один ген или несколько позиций по конкретному клиническому вопросу: расходует меньше ткани и даёт результат быстрее. CGP же читает сотни генов за один раз, даёт более широкую картину, но требует больше ткани, больше времени и выдаёт данные, которые нужно трактовать командой.

Выбор вида исследования — не вопрос о том, что лучше, а вопрос о том, каков клинический вопрос в данный момент, сколько имеется ткани и сколько остаётся времени до момента, когда решение придётся принять.

Что показывает результат

Отчёт CGP обычно делит данные на несколько групп, и не каждая из них годится для подбора препарата. Пациенту и его семье стоит понимать это различие, потому что отчёт на много страниц не означает, что вариантов лечения много.

1. Нарушения, для которых существует препарат, действующий именно на эту мишень (actionable alteration), — группа, сильнее всего влияющая на решение: например, находки, связанные с EGFR, ALK, ROS1, RET, NTRK, BRAF, HER2 или MET в подходящем контексте заболевания. Однако наличие мишени не всегда означает, что данный препарат подойдёт именно этому пациенту: учитываются также тип заболевания, стадия, ранее полученное лечение и общее состояние. Механизм каждой группы препаратов разобран в материале как работают таргетная терапия и иммунотерапия.

2. Биомаркеры для решения об иммунотерапии: MSI, TMB и PD-L1. Эти показатели помогают в принятии решения, но ни один из них не предсказывает результат безошибочно: пациент с благоприятными на вид значениями может не ответить, и наоборот.

3. Нарушения с пока неясным клиническим значением (variant of uncertain significance, или VUS) — группа, которая часто встречается в отчётах. Это значит, что изменение гена действительно найдено, но нынешних данных недостаточно, чтобы сказать, что оно означает. Использовать его для подбора препарата не следует, и трактовать как плохую или хорошую новость — тоже.

4. Признаки, которые могут указывать на наследственное семейное нарушение (germline finding). Иногда исследование опухоли выявляет следы, дающие основание подозревать, что нарушение присутствует и в здоровых клетках организма. Такой случай требует подтверждения отдельным анализом крови germline с сопутствующим генетическим консультированием, поскольку это касается родственников первой линии.

5. Результат без выявленной мишени для подбора препарата — обычный, ожидаемый исход. Не в каждой опухоли есть генетическое нарушение с прицельным препаратом (actionable mutation). В этом случае остаются другие стандартные варианты лечения, а полученные данные всё равно полезны тем, что отсекают варианты, которые вряд ли сработают.

Прочитать все пять групп так, чтобы это соответствовало клиническому контексту, — задача мультидисциплинарной команды (Molecular Tumour Board), а не построчного чтения в одиночку.

Примеры значимых биомаркеров по группам заболеваний

Не каждый биомаркер имеет отношение к любому виду рака. Список ниже помогает понять, почему врач назначает разные исследования разным пациентам. Это лишь общий образовательный обзор, а не руководство по назначению анализов.

• Рак лёгкого — обычно рассматривают EGFR, ALK, ROS1, BRAF, RET, MET, NTRK, KRAS вместе с PD-L1.
• Колоректальный рак — обычно рассматривают KRAS, BRAF, HER2 и статус MSI.
• Рак молочной железы — обычно рассматривают HER2 вместе с гормональными рецепторами, а в отдельных ситуациях и данные germline.
• Опухоли желудочно-кишечного тракта (желудок, пищевод, поджелудочная железа, печень и желчевыводящие пути) — обычно рассматривают HER2, MSI, TMB и другие нарушения в зависимости от органа.
• Рак предстательной железы — обычно рассматривают данные о репарации ДНК, а в отдельных ситуациях и статус MSI.

Подбор панели, подходящей заболеванию и ситуации, — задача лечащей медицинской команды, а не то, что пациенту стоит выбирать самому по информации из интернета.

Кому это исследование может подойти

Как правило, CGP рассматривают у людей с уже установленным диагнозом рака, у которых есть клинический вопрос, ответ на который действительно способен изменить решение. Исследование без стоящего за ним вопроса чаще всего не меняет план лечения.

• Пациенты с диагнозом распространённого или метастатического рака, планирующие следующую линию лечения.
• Пациенты, у которых болезнь прогрессирует на фоне текущего лечения и которые хотят узнать, есть ли другие варианты с учётом генетических особенностей.
• Пациенты, которым уже выполняли прицельный генетический анализ, но мишень не нашлась, хотя клиническая картина позволяла её ожидать.
• Пациенты с редкими видами рака или с опухолью невыявленной первичной локализации.
• Те, кто рассматривает участие в клиническом исследовании с молекулярными критериями отбора.

Группа, для которой это исследование не предназначено, — люди без установленного диагноза рака. CGP не является скринингом рака у населения в целом, не может сказать, заболеете ли вы, и нормальный результат не означает отсутствия болезни.

Ограничения, о которых стоит знать

До решения об исследовании пациенту, семье и медицинской команде стоит одинаково понимать эти ограничения, чтобы не возникло ожиданий, расходящихся с тем, что исследование способно дать.

• Не в каждой опухоли есть генетическое нарушение с прицельным препаратом (actionable mutation).
• Ткани может не хватить или её качество окажется недостаточным, из-за чего придётся брать новый образец либо переходить на исследование по крови.
• Давно хранящаяся ткань может не отражать нынешнюю картину болезни, так как опухоль меняется со временем и под влиянием перенесённого лечения.
• Опухолевые очаги в одном организме могут различаться по генетическим особенностям (tumour heterogeneity), поэтому анализ из одной точки может охватить не всё.
• Значительная часть находок оказывается VUS, которые пока не годятся для решения о лечении.
• Даже при найденной мишени, соответствующей препарату, заранее сказать об ответе невозможно. Результат индивидуален.
• Могут обнаружиться данные, затрагивающие родственников первой линии, поэтому при наличии показаний нужно сопутствующее генетическое консультирование.
• Это исследование не является поводом прекращать или откладывать уже назначенную терапию. Решение принимайте вместе с лечащим врачом и не меняйте и не прекращайте назначенное лечение самостоятельно.

Если ткани недостаточно или она хранится очень давно, вариантом для рассмотрения может стать исследование по крови. Подробности — в материале жидкостная биопсия: анализ ДНК опухоли по крови.

Стоимость зависит от вида исследования и плана лечения; медицинская команда всегда оценивает и сообщает полную сумму до начала.

Как проходит приём в YOUNIFY

В клинике YOUNIFY назначение CGP всегда начинается с чёткой формулировки клинического вопроса: как результат изменит решение. Если ответ — «никак», медицинская команда прямо об этом скажет, а не отправит материал на исследование.

• 1. Консультация и разбор имеющихся документов — результат гистологии, специальные окраски, снимки лучевой диагностики и история предшествующего лечения.
• 2. Проверка имеющегося образца — оценка того, достаточен ли прежний блок ткани по объёму и доле опухолевых клеток.
• 3. Выбор способа получения материала — использовать прежнюю ткань, взять новую либо заменить или дополнить её исследованием по крови, исходя из того, что уместно в конкретном случае.
• 4. Разъяснение до подписания согласия — на какие вопросы исследование отвечает, на какие нет, какова вероятность не найти мишень и как поступают при находках, затрагивающих семью.
• 5. Вынесение результата на мультидисциплинарный консилиум (Molecular Tumour Board) — для трактовки вместе с клиническими данными.
• 6. Разбор итогов с пациентом и семьёй — объяснение отчёта по частям понятным языком, с доступными вариантами и с тем, что пока остаётся неизвестным.

Если план лечения требует химиотерапии, лучевой терапии, онкологической операции или терапии, вводимой внутривенно, медицинская команда организует направление в клинику-партнёр.

Если вы раздумываете, делать ли генетическое исследование опухоли, и хотите понять, как результат изменит решения по плану лечения, подробности можно прочитать в разделе услуга прецизионной онкологии в YOUNIFY либо обсудить с медицинской командой через LINE @younifyclinic до принятия решения; и всегда возвращайтесь с полученными сведениями к вашему лечащему врачу для обсуждения.